清洁作业区指卫生环境要求高，人员、环境要求较高，必须经过消毒和更衣才可以进入。例如，原料、成品裸露的处理区域，食品的冷加工间、即食食品的冷却间、待包装即食食品的储存间、即食食品的内包装间等。建有洁净车间的食品工厂在选址、设计、布局、建设和改造时应大限度避免污染源、交叉污染、混料和差错的发生。建筑内部结构应易于维护、清洁或消毒。应采用适当的耐用材料建造。顶棚应使用无毒、无味、与生产需求相适应、易于观察清洁状况的材料建造，若直接在屋顶内层喷涂涂料作为顶棚，应使用无毒、无味、防霉、不易脱落、易于清洁的涂料。
顶棚应易于清洁、消毒，在结构上不利于冷凝水垂直滴下，防止虫害和霉菌孳生。蒸汽、水、电等配件管路应避免设置于暴露食品的上方，如确需设置，应有能防止灰尘散落及水滴掉落的装置或措施。门窗应闭合严密。门的表面应平滑、防吸附、不渗透，并易于清洁、消毒。应使用不透水、坚固、不变形的材料制成。清洁作业区和准清洁作业区与其他区域之间的门应能及时关闭。窗户玻璃应使用不易碎材料。若使用普通玻璃，应采取必要的措施防止玻璃破碎后对原料、包装材料及食品造成污染。窗户如设置窗台，其结构应能避免灰尘积存且易于清洁。可开启的窗户应装有易于清洁的防虫害窗纱安装设计要求，有效防止杂物，蚊虫等污染。
